Sejarah awal Long Kelupan merupakan masyarakat yang berasal dari daerah Wa'Yada. Pada saat itu dikarenakan kondisi tempat tinggal yang sulit untuk membuat sawah, masyarakat memutuskan untuk pindah mencari lokasi yang lebih landai. Masyarakat dari Wa'Yada itu bertemu dan bergabung dengan masyarakat Long Rungan. Pada masa Konfrontasi banyak masyarakat yang terlibat dalam tentara sukarela. Pada masa kepemimpinan camat Philipus Gaying, masyarakat berkumpul di lokasi Tanjung Pasir untuk memudahkan akses kepada pendidikan dan kesehatan. Silsilah kepemimpinan desa sebagai berikut :
1. Elias Sayung  -

2. Yulius Elias (-)

3. Marson Peru (PLT) (-)

4. Yohanis Padan (1999-2020)

5. Kalvin Samuel (PLT) (2020-2021)

6. Berli (2021-Sekarang)